Ochrana hydraulického okruhu je zásadní, protože se jedná o systém, který pracuje pod tlakem a přítomnost nečistot může způsobit značné poškození součástí systému. Kapalina v okruhu by proto měla být filtrována v každé fázi, od nádrže přes čerpadlo až po válce, a to jak na přívodním, tak na zpětném potrubí.
